一、為配合貨物通關自動化之作業特性，釐清海關與各主管機關間對貨物輸出入管理之作業權責，並使海關進出口通關作業能兼顧便民及防弊，達到快速通關之目的，特訂定本作業規定。
二、貨物運達我國通商口岸後，於海關放行前，應依據關務法規及各主管機關之進出口或貿易管理法規處理。
三、各主管機關進出口貿易管理須由海關配合查核事項，以下列範圍為限：
（一）依經濟部國際貿易局（以下簡稱貿易局）傳輸之出進口廠商資格名單，檢核出進口人資格。
（二）貿易局公告列入限制輸出（入）貨品表及海關協助查核輸出（入）貨品表之貨品及輸出入規定。
（三）不准輸入及貿易局公告列入「大陸物品有條件准許輸入項目、輸入管理法規彙總表」之大陸物品及輸入規定。
（四）主管機關公告屬應施檢驗、查驗或檢疫之貨品及輸出入規定。
（五）貿易局輸出（入）行政規定彙編之相關規定。
（六）經濟部公告禁止、管制或暫停特定國家或地區或特定貨品輸出入或採取必要措施之項目。
四、海關配合各主管機關實施進出口貨物貿易管理者，除前點第一款、第五款及第六款外，以貿易局傳輸之中華民國輸出入貨品分類號列（以下簡稱為ＣＣＣ號列）及輸出入規定為準。
應實施進出口貿易管理貨品之ＣＣＣ號列，除主管機關已透過關港貿單一窗口與海關連線並核銷有關文件者，得先行通關放行外，於通關時均由電腦自動列入文件審核通關（C2）或貨物查驗通關（C3）方式。
同一稅則號別（前八碼）之下，主管機關依照貨物之性質、成分、用途等區分其ＣＣＣ號列（十碼），採行不同之貿易管理方式者；或同一ＣＣＣ號列之下，部分列入查核，部分免予查核者，如海關在實務上對該區分條件判定有特殊困難時，得要求主管機關對免予繳驗簽審文件者，一併出具證明函。
各主管機關輸出（入）許可證或同意文件所列ＣＣＣ號列，如與海關所核列不一致時，以海關就實到貨物所核列者為準。但配合貿易管理部分，應洽商主管機關同意後據以辦理。
五、主管機關公告應實施進出口貿易管理之貨品，如未轉化為ＣＣＣ號列或僅作概括性或宣示性規範而無法列出ＣＣＣ號列者，應由各主管機關責成出進口人或其委託之報關業者，於通關時自行報明並檢附規定文件，由海關依其申請，列入文件審核通關（C2）或貨物查驗通關（C3）。未依規定報明者，出進口人應自行負法律責任。
六、貨物通關時，海關核憑輸出（入）許可或同意文件通關，不得要求查核發證機關應行查核之其他主管機關文件。但法令另有規定者，不在此限。
七、進出口貨物涉及違反輸出入規定或主管機關規定查核事項者，應將涉及違反規定情事通知主管機關。但法令另有規定者，從其規定。
八、已放行進口貨物查獲不符輸入規定，該貨物之處理經主管機關確認不適用其主管法規或無貨物處理規定，且未經依海關緝私條例裁處沒入時，除該主管機關明示不予事後補正外，海關應通知進口人限期補正輸入許可文件。
前項貨物經主管機關明示不予事後補正或屆期未補正輸入許可文件，且無財政部一百零八年五月二十四日台財關字第一○七一○二六○六二號令信賴保護原則之適用者，應依關稅法第九十六條規定辦理。