一、本作業規定依貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法 (以下簡稱自主管理辦法) 第三條第二項規定訂定之。
二、本作業規定之稽核對象為經海關核准實施全面自主管理之進出口貨棧及貨櫃集散站。
三、本作業規定之執行，由各關倉棧 (稽查) 單位辦理。
四、稽核關員定期或不定期稽核或辦理下列事項：
（一）查核業者、專責人員依「自主管理辦法」、「海關審查貨棧及貨櫃集散站業者實施自主管理作業規定（以下簡稱審查作業規定）」、「貨棧及貨櫃集散站業者實施自主管理作業手冊（以下簡稱自主管理作業手冊）」及相關法令規定所列應辦理事項及其作業程序。
（二）會同業者盤查進、出、存站（棧、倉）之物品，並稽核其相關之艙單、簿冊、表報及電腦相關檔案或資料庫等。
（三）辦理「自主管理作業手冊」下列稽核事項：
1.核發准單事後應稽核辦理情形。
2.受理並處理一般報備案件。
3.處理專責人員報告違章案件。
(1)進（轉）口貨櫃（物）逾時進站、逾時未進站者。
(2)貨櫃（物）失竊、調包者。
(3)封條破損、斷失、有偽造變造之嫌、封條號碼與貨櫃（物）運送單不符及電子封條比對異常者。
(4)貨櫃（物）運送單經塗改者。
(5)發現貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
(6)放行進口貨物與提單貨名不符者。
(7)進（轉）口貨櫃（物）進錯站（倉）者。
(8)其他異常情形者。
4.覆核國產貨櫃進站儲存，經專責人員簽發之進站證明書。
5.覆核專責人員監視辦理加貼中文標籤或進口食品加貼中文標示作業。
6.覆核經專責人員簽證之短溢卸報告及破損貨物報告。
7.覆核倉儲業者派員監視進口貨物銷毀、破壞作業。
8.核發倉儲業者領用之海關封條(含電子封條)，並稽核其登錄、加封、控管、使用及規費徵收核銷等作業。
9.稽核專責人員簽證下列案件：
(1)查對、登記扣存或沒入貨物。
(2)查對、登記逾期貨物或聲明放棄貨物。
(3)查對存站（棧）已列拍賣清單貨物。
(4)查對出口退關貨物及註銷報關貨物。
(5)因故全部或部分退倉之已出倉空運轉口貨物。
10.抽核站（棧）方已簽發之出口貨物進倉證明書。
11.抽核退運復出口案件。
12.抽核轉口貨櫃加裝、分裝、改裝、重整或轉口貨加裝於出口貨櫃。
13.抽核空運轉口貨物拆包、分批、加貼航空標籤及重整。
14.抽核海空聯運轉口貨物打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記、箱號。
15.稽核貨櫃動態電子資料傳輸進站、出站、進儲等登錄作業。
（四）輔導新核准實施全面自主管理或須輔導之業者。
（五）稽核其他有關監管事項。
五、稽核關員應辦理稽核作業程序如下：
(一)依有權人員指示，填寫「稽核項目及報告表」（如附件一），查核業者、專責人員應辦理事項、程序及盤查、稽核相關物
品、艙單、簿冊、表報，並將查核結果詳實予以記錄。
(二)稽核關員應主動辦理「自主管理作業手冊」所列海關稽核關員應辦理事項及稽核其他有關監管事項，並將辦理情形繕具
於工作報告簿陳核。
(三)稽核關員執行第一、二款作業，如發現異常或缺失時，應填具「稽核不符事項通知單」（如附件二）一式三份，由業者簽認後，其中二份分別交由業者及專責人員收執限期改正，另一份隨附於「稽核項目及報告表」或工作報告簿，並陳報主管，其有違反關章者，各依其規定論處。
(四) 稽核關員對於業者或專責人員應改正事項，應予列管追蹤。
(五) 前列「稽核項目及報告表」及「稽核不符事項通知單」應順序編號控管歸檔備核。
六、稽核不符案件之處理原則如下：
(一) 專責人員未於期限內改正之事項，稽核單位應通知業者督促改正並得派員輔導，其情節較重者，則依「審查作業規定」第十點處理。
(二) 業者對實施自主管理條件及自主管理事項，未於期限內改正，且無正當理由拒不改正者，則依「自主管理辦法」第十二條及「審查作 業規定」第十點處理。
七、業者或專責人員一年內未受處分，表現積極成績優良者，稽核單位於年終時得簽請依有關規定予以表揚。