一、為統一稅捐稽徵機關辦理九二一集集大震災害損失之會勘及認定作業，特訂定本要點。
二、受災地區受災戶之災害損失，應由所轄國稅局會同稅捐稽徵處主動派員聯合勘查，必要時可邀請村（里）長或村（里）幹事協助勘查。勘查時應攜帶照相機拍照存證，除將勘查結果詳細記載於勘查紀錄表外，應記載受災戶之連繫地址、電話，俾供稽徵機關事後核發房屋稅地價稅減免通知及所得稅災害損失證明。
三、各地區國稅局會同稅捐稽徵處派員聯合勘查時，應就受災地區房屋稅稅籍逐屋勘查，房屋全倒或損毀不堪使用或經建管機關鑑定結構無法補強等受災情形，應由勘查人員詳細記載，並依所得稅法第十七條、第三十五條、房屋稅條例第十五條及土地稅減免規則第十二條規定，核發災害損失證明並核定減免各項稅捐。
四、各項災害損失之認定，除房屋可參酌建管機關鑑定情形認定者外，其餘各項資產，如機器設備、材料、原物料、製成品、傢俱等，由勘查人員依本要點規定從寬認定。
五、納稅義務人依規定自行申請報備災害損失或房屋稅地價稅減免者，得於災害發生後三個月內申請，不受原規定期間之限制，並得委由村（里）長、村（里）幹事代理就受災戶災害損失情形，分別造具損失清單，並檢具相關證明文件統籌向所轄稽徵機關辦理災害損失申報手續，其災害損失金額之認定及房屋稅、地價稅之減免，依本作業要點之規定辦理。
六、房屋稅及地價稅之減免，依左列規定辦理：
(一)稅捐稽徵處派員勘查時，應攜帶房屋稅籍紀錄表或由電作單位列印清查清單（含面積、單價、經歷年數等資料），於勘查後將房屋毀損情形詳細註記。房屋全倒或毀損不堪使用者，房屋稅應全免，其房屋座落基地之地價稅亦予免徵。
(二)房屋毀損不堪使用之認定及因地上房屋坍塌致技術上無法使用之土地，由勘查人員從寬處理。
(三)經勘查結果符合減免規定之房屋及土地，應將減免情形及原因通知納稅義務人。
(四)經勘查符合免稅規定之房屋及土地，八十八年開徵之地價稅及八十九年開徵之房屋稅均全年予以免徵。其減免原因消滅時，依規定恢復課徵。
七、經勘查符合免稅規定之房屋及土地，八十八年開徵之地價稅及八十九年開徵之房屋稅均全年予以免徵。其減免原因消滅時，依規定恢復課徵。
(一)房屋全倒或損毀不堪使用者，其房屋損失金額，稽徵機關可分別依「台北市建造執照建築工程、雜項工作物、土地改良等工程造價」、「台灣省建築物造價標準」及「高雄市建造執照工程造價標準」，依受災房屋構造類別之重置工程造價，按房屋面積計算後，分別依房屋使用類別減除房屋按平均法提列已使用年數之累計折舊後之價值，認定房屋之損失金額，但其當期房屋評定現值較上開計算之價值為高者，從高認定其災害損失金額。納稅義務人如主張實際損失金額高於上開稽徵機關認定之金額者，得於辦理八十八年度綜合所得稅結算申報時，檢具相關證明文件報請稽徵機關核實認定之。
(二)房屋如僅部分遭受損害者，其損失金額，可由稽徵機關依前述原則計算之房屋價值，按受損程度比例計算；納稅義務人如主張實際發生之損失金額高於上開稽徵機關認定之金額者，得於辦理八十八年度綜合所得稅結算申報時，檢具修理費憑證報請稽徵機關核實認定之，但其金額不得超過該受災房屋按前述原則計算之全毀損失之金額。
(三)房屋僅屋瓦、門窗、地板、裝潢等受損或圍牆、籬笆倒塌者，稽徵機關應輔導納稅義務人於上開規定期間內申報，稽徵機關應於會勘時拍照存證，並得以納稅義務人修理恢復原狀（指結構、質料與原物同級而言，其不同級者，應估價核定）之修理費用核實認定損失。
(四)交通工具、傢俱及日常用品損失金額之認定方式如下：
1.交通工具可根據其廠牌、形式、購進日期、價格及已使用年數與折舊等，參考營利事業固定資產耐用年數表，依所得稅法第五十一條之規定，一律以平均法予以估算，其可恢復使用者，准以修理費用核實認定，但其金額不得超過原取得價格。
2.房屋全倒或損毀不堪使用者，其傢俱及日常用品之損失金額，由稽徵機關逕以十五萬元認定；惟納稅義務人如主張損失金額在十五萬元以上者，得於辦理八十八年度綜合所得稅結算申報時，檢具相關證明文件，由稽徵機關核實認定。
(五)農作物如屬多年生果樹者，可適用災害損失列舉扣除。其損失金額，原則上係以各縣市政府辦理徵收土地地上物補償之查估標準認定。
(六)財物之修復，以取得之統一發票或收據，核實認定其損失金額，如營業人未給予銷貨之合法憑證，僅開具估價單，致無法提供合法憑證者，得由納稅義務人出具切結書，並載明無法取得憑證之原因及實際支付之金額，經查證屬實者，得按其實際支出之金額認定災害損失。
(七)上述災害損失標的物受有保險賠償及殘值出售者，應以減除賠償及出售金額後之餘額作為災害損失金額。
(八)稽徵機關於勘查後應主動核發災害損失證明，納稅義務人於辦理八十八年度綜合所得稅結算申報前尚未收到該項證明者，可逕向所轄稽徵機關申請補發。
八、營利事業所得稅災害損失金額之認定，依左列規定辦理：
(一)各地區國稅局於會勘時，應主動拍照存證並輔導營利事業於災害發生後三個月內，檢具損失清單及證明文件，向所轄稽徵機關辦理災害損失報備手續。
(二)營利事業申報之災害損失，受有保險賠償部分，不得列為費用或損失；其未受保險賠償部分，應依左列規定認定：
1.固定資產（如建築物、機械及器具設備等）遭受災害全部滅失或損毀不堪使用無殘餘價值者，應按該項資產帳面未折減餘額計算認定；其一部分遭受災害損壞仍得修復者，應按該損壞部分所占該項資產之比例，依帳面未折減餘額計算認定。
2.原物料、商品等因災害而變質、損壞、毀滅、廢棄者，應審酌災情，實地盤點監燬或參酌相關證明文件，依據其帳證資料核實認定。
3.營利事業因建築物損毀致帳簿憑證一併滅失者，應依左列規定認定：
(1)固定資產、原物料、商品之損失數量：應就其申報之災害損失數量，分別參考災害現場空間、財產目錄、當年度營業收入、期初存貨數量或依原銷售廠商出具之銷貨發票影本資料等審酌
(2)固定資產、原物料、商品之損失價格：固定資產應依上年度財產目錄所載帳面餘額減除當期迄災害發生時之折舊後之價額認定；其當年度新購入者，則依原銷售廠商出具之銷貨發票影本資料或參酌市價認定。原物料、商品應依原銷售廠商出具之銷貨發票影本資料或分別參考報章雜誌所載市場價格、同業間帳載相同貨品加權平均價格或營利事業上一年度期末存貨價格等審酌認定；其無相同貨品價格資料可供參酌者，得以類似貨品價格估列認定。
(三)營利事業申報之災害損失金額在新台幣七十五萬元以下或受損標的物投有保險者（不論金額多寡），均予書面審核。