一、員工因確診嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）經衛生主管機關通知居家照護、收治於指定處所或醫院之隔離治療，係配合中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示。機關（構）、事業單位、學校、法人、團體（以下統稱雇主）給付員工確診COVID-19隔離治療請假期間之薪資超過勞動基準法工資給付標準或勞雇雙方約定金額者，得依廢止前嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第4條第1項規定，就該超過部分金額之200%，自申報當年度所得稅之所得額中減除。
二、雇主給付員工前開薪資，且薪資支出所屬年度之所得稅結算、決算或清算申報案件，於本令發布時尚未核課確定者，得於112年12月31日以前，依廢止前嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法第5條第1項規定，按規定格式填報，並檢附薪資金額證明、計算明細表及請假相關證明文件（如各級衛生主管機關開立之COVID-19指定處所隔離通知書或隔離治療通知書、請假單或其他證明文件），申請適用前點規定；逾期申請者，不予受理。