第一條
本辦法依生技醫藥產業發展條例（以下簡稱本條例）第九條第九項及第十條第五項規定訂定之。
第二條
生技醫藥公司高階專業人員因獎酬或技術投資人因技術入股而取得新發行股票，依本條例第九條第一項規定選擇全數緩課所得稅，經生技醫藥公司依規定送請主管機關認定適用緩課所得稅者，該生技醫藥公司應自高階專業人員或技術投資人取得股票年度或股票可處分日年度起至所得課稅年度止，於辦理各該年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報營利事業所得稅結算申報書及租稅減免明細表，並於辦理高階專業人員或技術投資人取得股票當年度或股票可處分日年度營利事業所得稅結算申報時，檢附下列文件：
一、主管機關核發之獎酬高階專業人員認定函影本或技術投資人技術入股認定函影本。
二、董事會議事錄、股東會議事錄及公司登記或變更登記前、後之證明文件等增資資料。
三、高階專業人員因獎酬取得股票相關文件或技術投資人當次認股之技術讓與或授權契約書影本，內容應包含取得股票種類、每股發行價格及股數，屬技術入股者，並應載明技術作價總額。
四、高階專業人員或技術投資人擇定適用緩課所得稅之聲明書。
前項所稱所得課稅年度，指高階專業人員或技術投資人取得股票之實際轉讓年度或帳簿劃撥至其往來證券商或保管機構之保管劃撥帳戶年度。
第一項生技醫藥公司高階專業人員持有股票且繼續於該公司任職累計達二年或個人技術投資人持有股票且提供該公司之技術應用相關服務累計達二年，符合本條例第九條第二項規定者，生技醫藥公司應於辦理符合該規定之當年度營利事業所得稅結算申報時，併同檢附主管機關核發符合該規定之備查函影本。
第三條
依前條第一項規定選擇緩課所得稅之高階專業人員或技術投資人，應於股票實際轉讓或帳簿劃撥至其往來證券商或保管機構之保管劃撥帳戶時，以該股票之轉讓價格、贈與或作為遺產分配時之時價或撥轉日之時價，作為轉讓或撥轉年度之收益，依所得稅法規定計算所得並申報課徵所得稅。
高階專業人員或個人技術投資人符合本條例第九條第二項規定者，依前項規定計算所得並申報所得稅時，其股票之轉讓價格、贈與或作為遺產分配時之時價或撥轉日之時價，高於取得股票日或股票可處分日之時價或價格者，以取得股票日或股票可處分日之時價或價格作為該轉讓或撥轉年度之收益。
前二項所稱轉讓，指買賣、贈與、作為遺產分配（繼承開始時）、公司減資銷除股份、公司清算或因其他原因致股份所有權變更者。
個人技術投資人依第一項或第二項規定計算所得時，如未能提出成本或費用證明文件，其成本及費用按其收益之百分之三十計算減除之。
第一項股票帳簿劃撥至高階專業人員或技術投資人往來證券商或保管機構之保管劃撥帳戶後，不得申請恢復緩課所得稅或變更課稅時點。
生技醫藥公司應將前五項課稅規定，於高階專業人員或技術投資人擇定適用緩課所得稅之聲明書及股票載明。
第四條
生技醫藥公司高階專業人員或技術投資人依本條例第十條第五項規定，以持有認股權憑證認購取得股票並選擇全數緩課所得稅者，生技醫藥公司辦理營利事業所得稅結算申報時應檢附文件及高階專業人員或技術投資人股票緩課原因消滅或轉讓時之所得計算方式，適用前二條規定，並於第二條第一項第三款規定文件載明每股認購價格。
第五條
依本條例第九條規定取得新發行股票者，以生技醫藥公司交付股票日認定高階專業人員或技術投資人取得股票日。
前項所稱交付股票日，股票交付採帳簿劃撥者，指公司或其代理機構指定之帳簿劃撥交付日；非採帳簿劃撥者，為公司或其代理機構規定可領取股票之首日。但交付股票前先行交付新股權利證書或股款繳納憑證者，為證書或憑證之帳簿劃撥日或交付日。
依本條例第十條規定持有認股權憑證並認購取得股票者，以高階專業人員或技術投資人執行權利日認定取得股票日。
前項所稱執行權利日，指生技醫藥公司或其代理機構依規定交付股票日。但交付股票前先行交付認股權股款繳納憑證者，為交付該憑證之日。
第一項及第三項股票訂有限制轉讓期間者，其股票可處分日，依下列規定認定：
一、公司法第二百六十七條第九項規定之限制員工權利新股，為既得條件達成日。其採集中保管者，為臺灣集中保管結算所股份有限公司解除限制員工權利新股註記之日；其採信託保管者，為受託人將股票撥付員工帳戶之日。
二、前款以外之股票，為限制轉讓期間屆滿之次日。
第六條
高階專業人員或技術投資人適用本條例第九條第一項、第十條第五項規定者，扣繳義務人於給付股票時，免依所得稅法第八十八條規定辦理扣繳。
生技醫藥公司依本條例第九條第六項、第十條第五項規定向主管機關申請認定，經主管機關否准其申請者，扣繳義務人應於主管機關否准函送達生技醫藥公司之日起一個月內，辦理補扣及補繳扣繳稅款，向稅捐稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單，並將憑單填發納稅義務人。
生技醫藥公司經依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定撤銷審定函者，扣繳義務人應於主管機關撤銷函送達生技醫藥公司之日起一個月內，辦理補扣及補繳扣繳稅款，向稅捐稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單，並將憑單填發納稅義務人。
生技醫藥公司經主管機關依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定廢止審定函者，高階專業人員及技術投資人於審定函有效期間內取得新發行股票，得適用第三條第一項及第四條規定；高階專業人員及個人技術投資人於審定函有效期間內，取得股票且繼續於該公司任職或提供技術應用服務累計達二年者，得適用第三條第二項及第四條規定。
扣繳義務人依第二項或第三項規定期限補繳、補報及填發者，得免加計利息並免依所得稅法第一百十一條及第一百十四條規定處罰，屆期未辦理者，應依前開所得稅法規定處罰。
第七條
生技醫藥公司應依本條例第十六條第一項規定，於股東轉讓或辦理帳簿劃撥之次年一月三十一日以前，將上一年度已轉讓或辦理帳簿劃撥之股份資料，依規定格式向該管稅捐稽徵機關列單申報，並應於二月十日以前將憑單填發納稅義務人。每年一月遇連續三日以上國定假日者，申報期間延長至二月五日止，填發期間延長至二月十五日止。
高階專業人員或技術投資人透過證券集中交易市場或證券商營業處所出售適用本條例第九條及第十條規定之股票者，證券商應於股票成交次一營業日將股票轉讓日期、數量及成交價格等資料通報生技醫藥公司。
第八條
本辦法自中華民國一百十一年一月一日施行至一百二十年十二月三十一日止。