一、為使稅捐稽徵機關辦理稅捐稽徵法(以下簡稱本法)第四十八條規定停止並追回納稅義務人享受租稅優惠待遇有一致性準據，特訂定本作業原則。
二、本作業原則用詞定義如下:
(一)本法第四十八條第一項所稱租稅優惠待遇，指稅法以外其他法律規定且與逃漏稅捐屬同一稅目之租稅優惠待遇。但稅法之租稅減免規定與稅法以外其他法律之租稅優惠待遇定有相同規定時，包含該稅法規定之租稅減免規定。
(二)本法第四十八條第二項所稱租稅優惠待遇，指稅法以外其他法律規定之租稅優惠待遇。
三、稅捐稽徵機關應依下列規定辦理停止並追回納稅義務人享受租稅優惠待遇:
(一)屬本法第四十八條第一項情形者:
1、稅捐稽徵機關查獲納稅義務人逃漏稅捐情節重大時，應即依式(如附表)調查其違章行為所屬年度享受租稅優惠待遇情形。
2、納稅義務人享有前點第一款所定租稅優惠待遇者，稅捐稽徵機關應於裁罰後，檢附相關資料函報財政部停止並追回租稅優惠待遇。但追回租稅優惠待遇之核課期間將屆者，得於查獲或裁處前先行函報財政部。
3、財政部審定屬本條項應停止並追回租稅優惠待遇時，應即函復稅捐稽徵機關，免函知納稅義務人。
4、稅捐稽徵機關接獲財政部停止並追回租稅優惠待遇通知函，應儘速於核課期間內補徵稅捐，將核定通知書及補徵稅額繳款書一併送達納稅義務人後，將處理情形及送達證書影本送交財政部。
(二)屬本法第四十八條第二項情形者:
1、財政部接獲租稅優惠法律之中央主管機關通知停止並追回納稅義務人租稅優惠待遇，經審定屬本條項應停止並追回租稅優惠待遇，應即通知稅捐稽徵機關，免函知納稅義務人。稅捐稽徵機關應依前款第四目規定辦理。
2、稅捐稽徵機關接獲環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律主管機關為辦理停止並追回租稅優惠待遇需要，查調納稅義務人違章行為所屬年度享受租稅優惠待遇情形，其總機構所在地國稅局及地方稅稽徵機關應依式(如附表)彙整該納稅義務人於其他地區國稅局及地方稅稽徵機關享受租稅優惠待遇情形逕行提供，依本法施行細則第十一條規定辦理，並副知財政部。
三之一、稅捐稽徵機關依前點規定停止並追回納稅義務人違章行為所屬年度享受租稅優惠之待遇者，財政部應於該停止並追回處分確定年度之次年七月一日至同年十二月三十一日止，於該部網站公告納稅義務人姓名或名稱、享受租稅優惠待遇之年度及稅目；屬前點第二款情形者，公告內容並應包含租稅優惠法律之中央主管機關名稱。
四、財政部未接獲租稅優惠法律之中央主管機關依本法第四十八條第二項規定通知停止並追回納稅義務人租稅優惠待遇前之聯繫通報及管控作業:
(一)納稅義務人發生違反環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律且屬社會關注、具指標性意義案件，該納稅義務人總機構所在地國稅局應主動通報上開法律中央主管機關及租稅優惠法律之中央主管機關，請其注意本法第四十八條第二項規定並副知財政部；另彙整該納稅義務人違章行為所屬年度於其他地區國稅局及地方稅稽徵機關享受租稅優惠待遇情形，函報財政部。
(二)納稅義務人總機構所在地國稅局應列冊專案管制，定期追蹤環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律主管機關處理情形。
五、稅捐稽徵機關應就辦理停止並追回租稅優惠待遇之相關作業及其他應注意事項等訂定標準作業程序，俾利同仁遵循。