第 一 條 本辦法依中小企業發展條例（以下簡稱本條例）第三十六條之二第五項規定訂定之。
第 二 條 本辦法用詞，定義如下：
一、中小企業：指依法辦理公司或商業登記，並合於中小企業認定標準第二條之事業。但不包括所得稅法施行細則第五十六條第一項免課營利事業所得稅之小規模營利事業。
二、經濟景氣指數達一定情形：指行政院主計總處按月發布之失業率連續六個月高於一定數值，且經中央主管機關認定公告者。
三、基層員工：與中小企業簽訂不定期契約之月平均經常性薪資新臺幣五萬元以下之本國籍員工。
四、經常性薪資：指按月給付之本薪、固定額度之津貼及獎金；如以實物方式給付，應按實價折值計入。但不扣除應付所得稅、保險費及工會會費。
五、平均薪資給付水準：指該年度給付基層員工之月平均經常性薪資。計算公式如下：平均薪資給付水準＝該年度基層員工經常性薪資給付總額／該年度每月基層員工人數合計數。但申請適用之當年度如有適用本條例第三十六條之二第一項及第二項規定者，於計算平均薪資給付水準時，應排除申請適用之當年度增僱本國籍員工之人數及因增僱所支付之薪資金額。
前項第二款經濟景氣指數達一定情形，中央主管機關自本辦法施行之日起，應每二年檢討調整之。
第 三 條 經濟景氣指數達一定情形時，自中央主管機關公告生效日起連續二年內，中小企業符合本辦法規定調高本國籍現職基層員工之平均薪資給付水準者，得申請適用本條例第三十六條之二第三項規定，就非因法定基本工資調整而增加支付本國籍基層員工經常性薪資金額部分，加成百分之三十自當年度營利事業所得額中減除。
前項優惠適用期間，自中央主管機關公告生效日起至本辦法施行期間屆滿之日不足二年者，其申請優惠適用期間至本辦法施行期間屆滿之日止。
第 四 條 申請適用本條例第三十六條之二第三項規定之中小企業，自中央主管機關公告經濟景氣指數達一定情形之生效日起，當年度平均薪資給付水準應高於前一年度平均薪資給付水準。
第 五 條 中小企業有下列情形之一者，不得申請適用本條例第三十六條之二第三項規定：
一、屬經營舞廳、舞場、酒家、酒吧、特種咖啡茶室之行業。
二、人力派遣服務業。
三、使用票據經拒絕往來尚未恢復往來，或於最近三年內有欠繳已確定應納稅捐情事。
四、最近三年內違反環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律且情節重大，經主管機關處分確定或司法機關判決確定。
五、當年度及前一年度有變相減薪及未實質加薪之情事。
中小企業無前項規定情形，應以切結書聲明之。
第 六 條 申請適用本條例第三十六條之二第三項規定之中小企業，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並檢附下列文件，送請公司或商業登記所在地之稅捐稽徵機關核定得自營利事業所得額中加成減除之數額：
一、加薪員工之當年度與前一年度之薪資明細資料。
二、加薪員工之勞工保險被保險人投保資料表。
三、申請適用之當年度與前一年度之基層員工薪資所得彙總表。
四、第五條第二項規定之切結書。
五、其他有關證明文件。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
中小企業依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；屆期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
第 七 條 申請適用本條例第三十六條之二第三項規定之中小企業，其薪資費用支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。
中小企業因調高基層員工平均薪資給付水準所增加之薪資給付費用，如已適用本條例第三十六條之二第一項及第二項規定，或其他租稅優惠措施減除營利事業所得額，不得重複適用本辦法之規定。
中小企業依本辦法規定得減除之金額，減除至當年度課稅所得額為零止。
中小企業依所得稅法第二十四條規定計算之課稅所得額為負數者，不得依本辦法規定適用加成減除。
第 八 條 中小企業有違反環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律且情節重大者，中央主管機關應依稅捐稽徵法第四十八條第二項規定，通知財政部停止並追回其違章行為所屬年度享受本條例第三十六條之二第三項加成減除營利事業所得額之優惠待遇。
第 九 條 本辦法施行期間，自中華民國一百零五年一月一日起至一百十三年五月十九日止。