一、依促進產業升級條例第9條之1第2項規定，屬科學工業之公司進口免徵關稅及營業稅之機器、設備，於進口後5年內，因轉讓或變更用途，致與減免之條件或用途不符者，除轉讓與設於科學工業園區、加工出口區及其他屬科學工業之公司者外，應予補徵進口稅捐及營業稅。該等公司如未依關稅法第55條規定於限期內向海關申辦補繳關稅，並一併補繳營業稅者，不論是否已於轉讓或變更用途時開立統一發票報繳營業稅，海關均應依促進產業升級條例第9條之1第2項規定補徵其進口之營業稅，並免依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第51條第1項第7款規定處罰。二、按營業稅法第41條規定，貨物進口時，應徵之營業稅，由海關代徵之。而有關稅捐之稽徵或代徵，應包括調查、核定、補稅、退稅、違章審理及行政救濟等作業程序，為求稅務程序一致性及簡政便民原則，進口貨物雖為零關稅貨物，其營業稅之補徵及處罰宜由原進口地之海關辦理。三、屬科學工業之公司依促進產業升級條例第9條之1規定免稅進口之機器、設備，於進口後5年內復運出口，如屬轉售出口者，應依促進產業升級條例第9條之1第2項規定補繳進口營業稅，未依規定補繳者，海關除應依法補徵其進口營業稅外，免依營業稅法第51條第1項第7款規定予以處罰；至如屬因進貨退出而退運出口者，非屬轉讓或變更用途性質，免補繳（徵）其進口營業稅。