中央登錄債券作業要點（編者註：現行經理中央登錄債券作業要點）經中央銀行於90年8月1日修正發布，中央銀行、中央健康保險局、勞工保險局、勞工退休基金監理委員會、公務人員退休撫卹基金管理委員會及中央信託局（編者註：現已併入臺灣銀行股份有限公司）（運用公教人員保險準備金）等依首揭作業要點買賣登錄國庫券，其利息所得之扣繳依下列規定辦理：（一）持有之登錄國庫券，如係首次發售時取得，取得後繼續持有至到期兌償者，扣繳義務人於到期兌償時，可憑其買賣成交單，免予扣繳全部利息所得之所得稅。（二）持有之登錄國庫券，如係中途買入，買入後繼續持有至到期兌償者，扣繳義務人於到期兌償時，可憑其買賣成交單，免予扣繳其實際持有期間利息所得之所得稅；但非其持有期間之利息所得，應依法扣繳稅款。（三）持有之登錄國庫券，如係首次發售時購入，中途賣出，或中途買入，中途賣出者，扣繳義務人於到期兌償時，應對該項登錄國庫券全部利息所得扣繳所得稅；但其可憑買賣成交單向稽徵機關申請退還其實際持有期間利息所得已扣繳之稅款。