主旨：有關醫療法人得否適用兩稅合一及盈虧互抵之課稅疑義乙案。說明：二、依醫療法第5條規定，本法所稱醫療法人，包括醫療財團法人及醫療社團法人。所稱醫療財團法人，係指以從醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。所稱醫療社團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，經中央主管機關許可登記之社團法人。三、上開醫療財團法人，依其性質係屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益慈善機關或團體，依所得稅法第4條第1項第13款規定，如符合行政院發布之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準者，其本身之所得及附屬作業組織所得，除銷售貨物或勞務之所得，應依上開免稅標準第3條第1項規定課徵所得稅外，免納所得稅；其銷售貨物或勞務之虧損，依財政部84年3月1日台財稅第841607554號函規定，可比照公司組織之營利事業，如符合所得稅法第39條但書規定，得自以後5年（編者註：現為10年）度銷售貨物或勞務之所得中扣除。四、另依所得稅法第66條之1第2項第3款規定，上開醫療財團法人，免設置股東可扣抵稅額帳戶，尚無兩稅合一制之適用，故其投資於國內其他營利事業所獲配之股利淨額或盈餘淨額，依同法第42條第2項規定，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，不得扣抵其應納所得稅額，並不得申請退還。五、至於醫療社團法人部分，依醫療法第49條第3項規定，其得於章程中明定，社員按其出資額，保有對法人之財產權利，並得將其持分全部或部分轉讓於第三人。依此，醫療社團法人之結餘可按出資比例分配予其社員，具有營利之性質，應屬所得稅法第11條第2項規定，以其他組織方式成立之營利事業。該法人應依一般營利事業適用所得稅法有關兩稅合一規定，且可比照公司組織之營利事業，適用同法第39條但書有關前5年虧損扣抵之規定。