主旨︰總機構在中華民國境外之營利事業，經申請核准依所得稅法第25條規定核計營利事業所得額，並依同法第98條之1規定納稅者，如有非營業收入（及非營業損失），應否合併申報課稅一案，核復如說明。說明：二、前項非營業收入（及非營業損失）應依下列規定辦理︰（一）在臺設有分支機構者，應由分支機構合併申報課稅：總機構在中華民國境外之營利事業，經核准依所得稅法第25條規定，核計營利事業所得額者，在臺如設有分支機構，應依同法第98條之1第1款規定，由其在臺之分支機構依法辦理結算申報，如有非營業收入（及非營業損失），自應依法合併申報課稅。（二）在臺未設分支機構而有營業代理人者，應由營業代理人依法申報課稅︰依所得稅法第25條規定核計之營利事業所得額，該國外營利事業在臺如未設立分支機構而有營業代理人者，依同法第98條之1第2款規定，應由營業代理人負責扣繳稅款，毋須辦理結算申報。惟上述所指之依法扣繳，應僅限於依所得稅法第25條規定核計之營利事業所得額始有其適用。如有非營業收入（及非營業損失），應依同法第73條第2項規定，由營業代理人依法申報納稅，不發生與第25條之所得額合併課稅之問題。（三）在臺無分支機構及營業代理人者，除所得稅法第25條之所得額應依同法第98條之1第3款規定扣繳外，如有非營業收入，應依「各類所得扣繳率標準」之規定辦理，至於非營業損失，則不發生申報與核認之問題。