依土地稅法第39條之2第1項規定，作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。次查在稅捐核課期間內，經另發現應徵之稅捐者，仍應依法補徵，稅捐稽徵法第21條第2項明文規定。本案黃君於89年4月7日申報移轉所有旨揭土地與張君，經核准依土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅，且辦竣移轉登記，嗣原核發之農業用地作農業使用證明書經農業機關撤銷，是以，該土地於移轉時，顯已不符合上述土地稅法所定作農業使用之農業用地要件，該原依上述規定核定不課徵之土地增值稅，自應依稅捐稽徵法第21條第2項規定補徵。上述補徵，亦屬土地稅法第39條之2第4項規定「依法應課徵土地增值稅」之案件，其原地價之認定，自宜審查該土地是否符合該條第4項規定要件，據以辦理。(依財政部105年12月26日台 財稅字第10504038380號令修正)