一、 依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定選擇合併辦理營利事業所得稅結算申報之母公司及其各本國子公司，如有短漏報所得額情事，於適用本部83年7月13日台財稅第831601175號函、83年7月13日台財稅第831601183號函及85年10月2日台財稅第851918086號函有關短漏報情節輕微可適用所得稅法第39條以前年度虧損扣除規定之比例標準時，其申報扣除年度應以個別公司短漏報課稅所得額占該公司全年所得額之比例，其虧損年度應以個別公司短漏之所得額占該公司全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例判定。
二、 合併申報之母公司及其各本國子公司如不符合所得稅法第39條第1項但書規定適用以前年度虧損扣除之要件（以下簡稱盈虧互抵適用要件）時，應依下列規定辦理：
(一) 合併申報年度，各公司當年度營業之所得額或虧損額相互抵銷、合併計算後仍為虧損者，虧損之公司當年度如有不符合盈虧互抵適用要件之情形，應以核定合併營業虧損額為準，按該公司當年度之核定營業虧損額占該年度合併申報各公司核定營業虧損額合計數之比例，計算不得依所得稅法第39條規定自以後年度核定合併結算申報所得額中扣除之虧損金額。（附釋例一）
(二) 合併申報年度，各公司當年度營業之所得額或虧損額相互抵銷、合併計算後有所得額者，有所得之公司當年度如有不符合盈虧互抵適用要件之情形，應以核定合併結算申報所得額為準，按該公司當年度之核定課稅所得額占該年度有所得之各公司核定課稅所得額合計數之比例，計算不得依所得稅法第39條規定扣除以前年度核定合併營業虧損額之所得金額。（附釋例二）
部 長 李述德
釋例一、
假設A金融控股公司自93年度起，選擇與其持股達已發行股份總數90%以上之子公司（b、c、d）合併申報營利事業所得稅。
A金融控股公司與合併申報之b、c及d公司93年度課稅所得額核定情形如下：
A公司 | b公司 | c公司 | d公司 | 合併結算 申報所得額 |
100萬 | （150萬） | 100萬 | （250萬） | （200萬） |
倘93年度僅d公司不符合所得稅法第39條第1項但書規定盈虧互抵適用要件，則93年度合併申報不得自以後年度核定合併結算申報所得額中扣除之虧損金額，計算如下：
(１) 不得自以後年度核定合併結算申報所得額中扣除之虧損金額
200萬 ×（250萬／（150萬＋250萬））＝125萬
(２) 得自以後年度核定合併結算申報所得額中扣除之虧損金額
200萬－125萬＝75萬
釋例二、
假設甲金融控股公司自92年度起，選擇與其持股達已發行股份總數90%以上之子公司（乙、丙、丁）合併申報營利事業所得稅。
甲金融控股公司與合併申報之乙、丙及丁公司95年度課稅所得額核定情形如下：
甲公司 | 乙公司 | 丙公司 | 丁公司 | 合併結算 申報所得額 |
150萬 | （200萬） | 300萬 | 150萬 | 400萬 |
倘95年度僅丁公司不符合所得稅法第39條第1項但書規定盈虧互抵適用要件，則95年度合併申報不得扣除以前年度核定合併營業虧損額之所得金額，計算如下：
(１) 不得扣除以前年度核定合併營業虧損額之所得金額
400萬 ×（150萬／（150萬＋300萬＋150萬））＝100萬
(２) 得扣除以前年度核定合併營業虧損額之所得金額
400萬－100萬＝300萬