金融控股公司持有本國子公司股份，達已發行股份總數百分之九十，自其
持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之年度起，依金融控股公司法第四
十九條規定，選擇以金融控股公司為納稅義務人，合併申報營利事業所得
稅者；或股份有限公司依企業併購法第四十條規定，因進行合併、分割或
依同法第二十七條至第二十九條規定收購，而持有其本國子公司股份達已
發行股份總數百分之九十，自其持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之
年度起，選擇以該併購母公司為納稅義務人，合併申報營利事業所得稅者
，應依所得稅法相關規定及下列規定辦理：
一 本原則所稱「持有本國子公司股份」，係指公司本身直接持有本國子
公司股份；本原則所稱「在一個課稅年度內滿十二個月」，於會計年
度採曆年制之公司，係指一月一日起至十二月三十一日止；於會計年
度採非曆年制之公司，其期間比照辦理。
二 選擇合併申報營利事業所得稅者，無須事先申請核准。一經選擇，除
具正當理由，於會計年度終了前二個月內，報經財政部核准者外，不
得變更。
三 合於規定之各本國子公司，應全部納入合併申報營利事業所得稅，並
應與母公司採相同會計年度；其於年度中因股權變動致不符合合併申
報規定者，當年度應個別辦理營利事業所得稅申報。
四 當年度營利事業所得稅結算申報，採合併申報者，其上一年度未分配
盈餘申報，應採合併申報；當年度營利事業所得稅結算申報，採個別
申報者，其上一年度未分配盈餘申報，應採個別申報。
五 營業虧損之扣除規定：
(一) 合併申報前，各公司經稽徵機關核定尚未扣除之前五年內各期營業
之虧損 (以下稱個別營業虧損) ，得依所得稅法第三十九條但書規
定，自各該公司當年度所得額中扣除。
(二) 自合併申報年度起，各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互
抵銷，合併計算。其經合併計算抵銷之虧損額，不得再適用所得稅
法第三十九條但書規定；其經合併計算後仍為虧損者 (以下稱合併
營業虧損) ，得依所得稅法第三十九條但書規定，自合併營業虧損
發生年度起五年內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。
(三) 合併申報後，子公司因股權變動而採個別申報時，該個別申報公司
，得將經稽徵機關核定尚未扣除之前五年內各期合併營業虧損，逐
年按該公司當期營業虧損額占合併申報各公司營業虧損額合計數之
比例計算之金額，依所得稅法第三十九條但書規定，自合併營業虧
損發生年度起五年內，於個別結算申報所得額中扣除。合併申報公
司得就稽徵機關核定尚未扣除之前五年內各期合併營業虧損，減除
上開個別申報公司依規定比例計算之金額後之餘額，繼續依前述 (
二) 之規定扣除之。
六 合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算規定：
(一) 各公司依所得稅法第二十四條規定計算之所得額，扣除依法律規定
減免所得稅之所得額及合於所得稅法第三十九條但書規定之個別營
業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。
(二) 各公司課稅所得額之合計數，為合併結算申報所得額。
(三) 合併結算申報所得額，扣除合於所得稅法第三十九條但書規定之合
併營業虧損後之餘額，為合併結算申報課稅所得額。
(四) 合併結算申報課稅所得額，依規定稅率計算之應納稅額，為合併結
算申報應納稅額。
七 合併申報未分配盈餘及應加徵稅額之計算規定：
(一) 各公司依所得稅法第六十六條之九第二項規定計算之未分配盈餘，
為各公司未分配盈餘。
(二) 各公司未分配盈餘之正數或負數，應相互抵銷合併計算，其合計數
為合併申報未分配盈餘。
(三) 合併申報未分配盈餘按百分之十計算之應加徵稅額，為合併申報未
分配盈餘應加徵稅額。
八 投資抵減獎勵之抵減規定：
(一) 合併申報前，各公司依促進產業升級條例等相關法律規定已享有而
尚未抵減之投資抵減獎勵，得繼續依規定抵減各公司課稅所得額部
分依規定稅率計算之應納稅額，及各公司未分配盈餘部分按百分之
十計算之應加徵稅額。
(二) 自合併申報年度起，各公司始依促進產業升級條例等相關法律規定
享有之投資抵減獎勵，得依規定抵減合併結算申報課稅所得額依規
定稅率計算之應納稅額及合併申報未分配盈餘按百分之十計算之應
加徵稅額。
(三) 合併申報適用投資抵減規定時，其依規定計算之各公司得抵減金額
合計數，大於合併申報實際得抵減總額時，得自行協議抵減順序或
方法。但抵減順序或方法一經採用，不得變更。
九 國外稅額之扣抵規定：
(一) 各公司之國外所得額 (或虧損額) 應合併計算，其合計數為合併結
算申報國外所得額。
(二) 各公司國外所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得合計
後依所得稅法第三條第二項但書規定，自合併結算申報應納稅額中
扣抵。但扣抵之數，不得超過因加計合併結算申報國外所得額，而
依國內適用稅率計算增加之合併結算申報應納稅額。
一○ 股東可扣抵稅額帳戶之處理規定：
(一) 合併結算申報應納稅額，減除國外稅額實際扣抵額及投資抵減實
際抵減額後之餘額，應計入金融控股公司或併購母公司當年度股
東可扣抵稅額帳戶餘額。其屬以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳者，計
入日期為合併結算申報日；其屬以現金繳納者，計入日期為繳納
稅款日。
(二) 合併申報未分配盈餘應加徵稅額，減除投資抵減實際抵減額後之
餘額，應於繳納稅款日，計入金融控股公司或併購母公司當年度
股東可扣抵稅額帳戶餘額。
一一 申報規定：
(一) 各公司應分別填具營利事業所得稅結算申報書及未分配盈餘申報
書。
(二) 金融控股公司或併購母公司應另行填具合併結算申報總表及合併
申報未分配盈餘總表，連同各公司之申報書，依規定向該管稽徵
機關辦理申報。